基于全基因芯片和生物信息学分析对DMBA诱导金黄地鼠颊粘膜癌变重要致病基因的筛选

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目的:利用基因芯片和生物信息学分析技术探讨口腔粘膜癌变发生发展的不同阶段基因表达谱的改变,并筛选癌变发生发展的重要致病基因。方法:用二甲基苯丙蒽(DMBA)诱导建立金黄地鼠颊鳞癌模型,分别提取并纯化正常颊粘膜、癌前病变和鳞癌新鲜组织的总RNA并合成用Cy3荧光标记的cRNA,分别与含有41000个基因/ESTs序列的Agilent大鼠全基因表达谱芯片杂交,用Agilent G2565AA荧光扫描仪进行扫描,以Log2Ratio≥2.5和Log2Ratio≤-2.5为阈值来确定癌变3个不同阶段的差异表达基因并分析相关生物信息,然后用GeneSpring10.0软件行Venn图分析,筛选出在口腔颊粘膜癌变发生发展的3个不同阶段均持续表达异常的基因。结果:金黄地鼠颊粘膜自正常粘膜到鳞癌的发生发展过程中,共有5255条差异表达基因,其中上调2896条,下调2359条,这些差异基因主要涉及到大分子代谢、信号传导等生物学过程。癌变的3个不同发展阶段均持续表达异常的基因共有22条,其中表达上调3条,下调19条。结论:口腔粘膜癌变涉及众多基因表达的改变;癌变的不同阶段均持续表达异常的基因可能为癌变发生发展的重要致病基因,对这些基因的探索将对研究口腔粘膜癌变发生发展的分子机理和靶向治疗具有重要作用。
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