少齿鼩鼹(Uropsilus soricipes)是中国特有种,仅见于西南四省(四川、云南、甘肃和陕西),该物种分子系统进化及种群遗传状况研究较少。线粒体基因已经广泛应用于物种系统进化和种群遗传学研究。我们测定了少齿鼩鼹线粒体基因组全序列;基于线粒体重链12个蛋白编码基因,采用最大似然法(Maximum likelihood,ML)和贝叶斯法(Bayesian inference,BI)构建了少齿鼩鼹和11个食虫类物种的系统发育树。利用哺乳动物通用引物L14724/H15915扩增了采集九寨沟、茂县、理县、都江堰、夹金山、天全和越西等7个不同地点共34号样品的线粒体细胞色素b(cyt b)基因(1089bp);基于cyt b基因分析了少齿鼩鼹的遗传多样性和种群结构并采用Beast v.1.6.0估算了主要进化枝分歧时间。结果显示:少齿鼩鼹线粒体基因组全长16 575 bp,包含13个蛋白质编码基因、2个rRNA基因、22个tRNA基因和1个非编码调控区(Dloop),基因组结构和己报道的食虫类线粒体基本一致;基于12个蛋白编码基因ML和BI树表明,鼩鼹属是鼹科最先分化的一支,与其他形态和分子研究结果一致;少齿鼩鼹整个群体具较低的核苷酸多样性(0.0017)和较高的单倍型多样性(0.968),少齿鼩鼹具有显著的地理种群结构,单倍型岐点分布多峰及中性检验都检测到种群扩展或瓶颈效应,夹金山种群在大约在4.66万年前经历种群扩张,越西种群和其他地理种群(九寨沟;茂县;理县;都江堰;夹金山和天全)分歧的时间约在更新世中期0.986个百万年前。