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采用PCR技术扩增了日本囊对虾(Marsupenaeus japonicus)线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ亚基基因(COI)片段,PCR产物经测序得到858bp的核苷酸序列；分析了该片段的福建、广东、广西3个自然群体57个个体的核苷酸序列多态性,共检测到93个多态性核苷酸位点、44种单倍型,结果表明,三个群体中以广西群体遗传多样性最高,其次为广东群体,大连群体最低；在日本囊对虾群体内存在两个明显的单倍型类群,这两个单倍型类群间的平均遗传距离为5.48％；分子变异分析(AMOVA)和群体间分化指数FST值均显示,不同自然分布区的日本囊对虾出现明显的遗传分化.