目的了解深圳地区柯萨奇病毒A2型SHZH13-01株的基因特征,研究柯萨奇病毒A2型的进化及变异状况。方法应用RT-PCR法扩增SHZH13-01株全基因组,PCR产物纯化后进行序列测定和基因进化分析。结果CVA2-SHZH13-01株的全基因组由7400个核苷酸组成,编码2191个氨基酸。病毒的5’非编码区(UTR)、P1(VP1-VP4)、P2、P3、3’非编码区和全基因组的核苷酸与近年香港分离的新型重组CVA2-HK(431306)序列同源性最高,分别为98.3%、98.8%、99.0%、99.2%、98.8%,98.9%。而与其他肠道病毒相比,SHZH13-01在结构蛋白P1区与CVA2国际原型株Fleetwood同源性最高,达81.6%,而在非结构蛋白区P2、P3与EV71病毒来自同一分支,同源性达82.8%-88.7%。根据系统进化分析,深圳SHZH13-01病毒株属于CVA2-HK(431306)病毒变异株。通过与CVA-HK(431306)衣壳区氨基酸比对,CVA2—SHZH13-01的变异位点变化情况为:aa5L→F,aa666S→G,aa671T→I。结论柯萨奇病毒A2型深圳株SHZH13-01属于香港新型重组CVA2-HK(431306株)的变异株。