食用菌栽培料一般经巴氏杀菌、堆积发酵处理或采用生料，因此，培养料中存在着多种微生物，有些微生物对食用菌的生长发育具有促进作用。如荧光假单胞菌、嗜热放线菌和嗜热真菌等，尤其是荧光假单胞菌对平菇、杏鲍菇、鸡腿菇和双孢蘑菇具有较强的促生作用，但对白灵菇和香菇则有抑制作用。许多固氮菌如荧光假单胞菌、大豆慢生根瘤菌、埃氏慢生根瘸菌、维涅兰德固氮菌和高温固氮菌等，与平菇、凤尾菇、羊肚菌和香菇等食用菌共培养，这些固氮菌能够在食用菌菌丝表面形成一层菌膜，利用菌丝分泌的营养物质进行生长并固氮，多余的氮供给食用菌菌丝，促进菌丝生长，缩短食用菌栽培周期，提高菇产量、千物质含量、蛋白质含量及矿物质含量。利用食用菌与有益细菌的互作关系可广开栽培原料，减少辅料用量，提高食用菌生产经济和社会效益。