由于小金海棠具有无融合生殖特性和后代发生倍性分离的特点,在小金海棠(4x)×山定子(2x)后代中,出现了多种倍性的杂种后代、重组和非重组无融合后代类型。目前常用分子标记和流式细胞术,分别对后代群体的亲缘关系和倍性进行分析。本文利用SNP(Single Nucleotide Polymorphisms)技术对杂交群体进行分析,并与SSR和FCM的结果进行比较。结果表明,在197株杂交后代中,利用一个SNP有效位点鉴定出了133株杂种后代,其中包括2株SSR分析遗漏的;结合另外9个SNP位点的分析,共鉴定出了23株重组无融合生殖后代,其中7株为SSR通过3对引物没有鉴定到的。此外,在SNP分析的质谱图中,通过特征峰峰面积的比值来分析杂种后代的倍性水平,与FCM结果的比较和染色体计数的验证,发现SNP对多倍体鉴定的准确率高,而对二倍性分析的准确性较低。由以上结果可以得知,SNP技术在亲缘关系鉴定上比SSR鉴定更加准确有效,而作为倍性分析的精度还有待提高。