目的对Sanger测序未发现两个等位基因突变的高苯丙氨酸血症(HPA)患儿运用NGS、MLPA、q PCR等技术行分子检测,以进一步完善分子病因学诊断。方法在近5年就诊的1061例HPA患儿中,仅发现一个突变位点或未发现突变位点的105例患儿,采用Ion PGM?测序平台对HPA的5个候选基因行NGS检测。仍未能明确基因诊断的患儿分别用MLPA和q PCR技术检测相关基因上是否存在大片段缺失。结果 105例患儿分子诊断未明确。经NGS、MLPA和q PCR技术,分别在7例(0.7%)、48(4.5%)和2例患儿(0.2%)新确立了基因诊断,使总新确诊率达5.4%。最终在1061例患儿中共明确了1013例患儿的基因诊断(95.5%),其中分别在PAH基因、PTS基因、QDPR基因和GCH1基因上检测到36种、17种、4种和1种新变异。结论 (1)NGS、MLPA和q PCR技术应用于Sanger测序未发现或仅发现一个突变的HPA患儿可提高其突变检测率,在临床应用中有较大的实用价值。(2)通过检测共发现了HPA相关基因的58种新变异,进一步丰富了HPA的基因突变谱。