微卫星标记是近年应用较多的一种分子标记，可有效地评估群体的遗传多样性，估算群体的遗传距离。本研究利用14个微卫星标记对云南茶花鸡保种群和产区引入群两大群体及两个群体各家系的等位基因频率、平均基因杂合度、平均多态信息含量以及家系间的亲缘关系进行了分析。结果表明：共检测到99个等位基因，其中等位基因数最多的位点为ADL0184(10个)和LE10040(10个)，等位基因数最低的位点为ADL0112(4个)，而且每个位点的等位基因分布并不均匀。针对两个群体分析，保种群较产区引入群的杂合度要低，平均PIC值也要小一些，且在10个位点上保种群都比产区引入群要少1-2个等位基因，这反映了经过17年的闭锁选育，由于不同程度的近交，引起群体的遗传漂变，造成了保种群内的一些等位基因的丢失，但两个群体间的平均杂合度差异并不大，为0.0491，说明了保种群相对于产区群体，仍具有一定的遗传多样性水平，证明其保种的效果较好;对12个家系进行分析，将其聚为3类：一类为Z—1、Z-2、Z-3、Z-4、Z-5、Z-6、B-1;一类为Z-7、Z-8、Z-9、Z-10;B-2自成一类，这表明了家系间的遗传相似性，同时我们对保种群内特殊的矮脚系B-2进行了相关的探讨。最后，我们提出了对茶花鸡保种的相关建议。