Rice black-streaked dwarf virus(RBSDV),是由灰飞虱以持久性不经卵方式传播的恶性病毒病,属于呼肠孤病毒科斐济病毒属。水稻黑条矮缩病毒引起的水稻黑条矮缩病和玉米粗缩病,这两者近年来对江苏、浙江和山东等省的粮食生产造成了极大的损失。植物细胞中的RNA病毒复制能够诱导寄主的抗病毒防御RNA干扰(RNAi)沉默机制,这种机制使病毒衍生出大量的病毒小RNA(vsiRNAs)。以高通量测序法我们对RBSDV侵染后的水稻叶片和茎秆进行测序得到大批量的vsiRNAs。结果显示,虽然植株茎秆的病毒积累浓度要大于叶片,但两个组织中病毒小RNA的分布规律和丰度差异不大。文库中病毒小RNA的序列共有659756种,但样本共有的序列仅有43 485个。来自病毒正义链的vsiRNAs要略高于来自反义链的vsiRNAs,且大部分vsiRNAs的长度在21~22nt之间。对不同链上vsiRNAs的分布分析表明,10条正义链中S2的vsiRNAs丰度最高,而反义链则是S1产生最多vsiRNAs。RBSDV的10个基因组片段上,正反义链vsiRNAs的分布并不成对称趋势,各个链集中产生vsiRNAs的hotspots也不一样。比如S4和S5链上,多数vsiRNAs产生于5’端,S8上产生的vsiRNAs多集中在3’端。长度在21~24nt之间的vsiRNAs的第一个碱基多为A/U(66%~68%),推测与水稻的类DCL酶类(Dicer-like proteins)活性相关。对于RBSDV产生vsiRNA的区域进行分析,有利于研究出更有效率的RNA沉默对象。靶基因预测及降解组分析显示,病毒小RNA可能标靶部分水稻基因,且参与不同的生理途径。