广西是我国最大的甘蔗种植区和蔗糖产业中心,甘蔗种植面积占全国的60%以上。大多数蔗区由于多年连作和过度施用化肥造成土壤严重退化,已无法通过增施化肥来提高产量。丛枝菌根(Arbuscular mycorrhizas,AM)真菌是一类在改善和修复退化土壤方面极具应用潜力的微生物资源。通过采集广西主要甘蔗种植区26个市(县/区),包含7种不同土壤类型的甘蔗根系和根际土壤,采用Nested-PCR扩增AM真菌18S r DNA目的片段,对样品中的AM真菌克隆文库进行多样性分析。以97%的阈值划分OTU,得到32个OTU,通过聚类分析划分为7科13属32种AM真菌,分别为Glomeraceae的5属17种、Diversisporaceae的2属3个种、Acaulosporaceae的1属1个种、Gigasporaceae的2属2个种、Claroideoglomeraceae的1属5个种、Archaeosporaceae的1属2个种以及Paraglomaceae的1属2个种。32个分子种中,只有7个与已知种聚在一起,大多数都是有待进一步研究的未知物种。所有土壤类型均以Glomeraceae为主,其次为Claroideoglomeraceae和Paraglomaceae,其他种类在所有样地均较稀有。Glomeraceae为7种土壤类型的优势科,Rhizophagus为优势属。在不同的土壤类型中,根系及根际土壤AM真菌的物种丰度和Shannon’s多样性指数差异不显著。经Pearson相关性分析表明,在赤红壤中,土壤p H值与根系AM真菌的物种丰度呈显著负相关,交换性Mg2+与根系AM真菌的物种丰度呈极显著负相关。对AM真菌分子种进行群落排序发现,根部和根际土壤的AM真菌的群落分布差异较显著。在赤红壤和石灰土的甘蔗根系中,AM真菌群落结构分布差异比较明显。