我国湖泊众多,绝大部分已富营养化,其中有部分蓝藻爆发或曾爆发。如"三湖"(太湖、巢湖和滇池)是蓝藻年年严重爆发的浅水型湖泊,其它有一部分湖库发生间隔性蓝藻爆发或轻度爆发,鄱阳湖和洞庭湖等大型湖泊虽已富营养化但因为换水次数多而未蓝藻爆发,洪泽湖虽换水次数较多但也发生多次轻度蓝藻爆发及数次较重蓝藻爆发,三峡水库支流的回水河段也发生间隔性或轻度蓝藻爆发或藻类爆发。国务院和各级政府加大投入,积极治理湖泊水环境取得阶段性成果:湖泊富营养化和蓝藻爆发程度总体上减轻或得到控制,其中"三湖"的蓝藻爆发程度减轻,部分湖泊如五里湖、西湖、东湖、玄武湖、洱海等的蓝藻爆发基本消除。分析蓝藻爆发和"水华"的同异性。总结以往湖泊治理的经验教训,提出大中型湖泊蓝藻爆发治理总体思路:蓝藻严重爆发湖泊首要是治理蓝藻爆发最终建立健康的水生态系统,并建立相应的治理目标;治理蓝藻爆发应削减蓝藻数量和减轻富营养化相结合,社会经济发达地区仅依靠治理富营养化的单项措施无法消除蓝藻爆发;削减蓝藻数量须持续超过蓝藻的自然增殖量,蓝藻爆发才能持续减轻直至消除;治理湖泊各类工程技术措施和相应保障措施合理配套和正确衔接,其中必须建设足量的更高标准的污水处理系统和把规模畜禽养殖业作为点源对待;科学合理制订分阶段分水域的能够达到的治理目标和实施方案。