论文部分内容阅读
中国的帘蛤目(Veneroida)贝类种类丰富,已经记录的有近千种,由于种类如此的繁多,仅仅依据壳型、放射肋、小月面等外部形态特征进行种属水平的形态学分类鉴定难度很大。因此需要以DNA为基础的系统分类的方法。由此产生的系统分类的新方法之一DNA条形码技术可以弥补传统形态学鉴定的某些局限。本实验应用DNA条形码通用引物扩增了6种中国近海的经济帘蛤目贝类共计22个个体的线粒体细胞色素C氧化酶Ⅰ(Cytochrome C oxidaseⅠ,COI)基因片段,这六种经济种类分别为虹光亮樱蛤(Moerella iridescens)、大竹蛏(Solen grandis)、长竹蛏(Solen strictus)、畸心蛤(Anomalocadia producta)、日本镜蛤(Dosinia japonica)、中国绿螂(Glauconome chinensis),并与Genbank收录的11种55条帘蛤目贝类同源序列进行比对。经过生物信息学以及分子生物学软件分析后,结果表明,帘蛤目贝类COI基因存在插入缺失现象,一共存在102个插入缺失位点,其中杂色蛤仔(Ruditapes variegata)、裂纹哥特蛤(Katelysia hiantina)有插入缺失位点30个,大竹蛏(Solen grandis)为27个。碱基的组成出现偏倚现象,A+T的含量(64.2%)明显高于G+C的含量(35.8%)。基于K2P模型的计算,16个种的种内平均遗传距离为0.0146,16个种的种间平均遗传距离为0.4384,是种内平均遗传距离的30.02倍。从用K2P算法构建的NJ和MP系统发育树,通过对系统发育树聚类的分析,结果表明,2种方法构建的系统进化树得到相似的拓扑结构,但对不同分类阶元而言,分子系统关系与传统结果不尽相同。在种的水平上NJ树和MP树的分类一致性均为100%;属水平上的分类与形态分类结果略有差异,在这次的研究中发现菲律宾蛤仔(Ruditapes philippinarum)与杂色蛤(Ruditapes variegata)可以准确的分开并且聚为一支,之后才与畸心蛤(Anomalocadia producta)聚为一支。科水平上的分类与传统的形态分类地位的一致性为83.3%。虹光亮樱蛤(Moerella iridescens)与中国绿螂(Glauconome chinensis)分别为不同的科,但是在NJ树和MP树中都聚在了一起。由于选取的物种都在同一目中,认为在目的水平上的一致性为100%。由此可见,COI基因在科、种、属水平上的鉴定及其系统进化关系与传统的形态学方法得到的一致性较高,由此也为线粒体COI基因作为帘蛤目贝类DNA条形码在物种鉴定的适用性上提供了一定的依据,同时也为形态分类系统提供了必要的佐证与补充。