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针对我国复杂的水生态状况,为在考虑水生态服务功能差异基础上有效实施生态环境分区管理与保护,建立了一套水生态区划理论方法,并提出全国水生态区划方案。在科学发展观及人与自然和谐思想指导下,遵照区域相关性原则、协调原则、主导功能原则和分级区划原则,采用三级分区的思路,综合气候、地理、水资源条件、人类活动影响及生态服务功能类型等诸多因素,详细阐述各级分区的划分依据、命名与编码原则。基于对全国范围内主要水生态系统生态特征、人类活动影响及水生态服务功能类型的认识,将全国划分为6个水生态一级区、34个二级区和130个三级区。