2009年2月到11月对嵊泗马鞍列岛海洋特别保护区内浮游动物群落分布特征以及相关环境因子进行了调查。选取人工鱼礁、天然海藻场、天然岩礁区和贻贝养殖场四种主要生境内36个网次的样品,分析浮游动物的种类、丰度、生物量、多样性指数及均匀度指数等群落特征。共记录到54种浮游动物,主要有桡足类(Copepoda)、水母类(Medusae)和毛颚类(chaetognatha)组成。优势种为中华哲水蚤(Sinocalanus sinensis)、小拟哲水蚤(Paracalanus Parvus)、肥胖箭虫(Sagittaenflata)、五角管水母(Muggiaea atlantica)等。四种生境,浮游动物群落结构有显著差异。人工鱼礁区内浮游动物种类和数量均较丰富;天然海藻场内浮游动物受大型底栖海藻生长影响很大,种类、丰度和生物量较小;贻贝养殖场内浮游动物的群落结构和丰度受贻贝摄食以及水交换的影响较大。