慢性GVHD仍然是异基因HCT后最重要的并发症。在过去几十年，临床前期及临床研究阐明了急性GVHD的病理生理，然而，慢性GVHD的生物学原理仍认识较少。预处理方案和/或急性GVHD所致的胸腺损伤使异体反应的CD4+细胞阴性选择减少，免疫紊乱产生炎性因子及成纤维因子如IL-2 , IL-10及转化生长因子β，巨噬细胞及纤维母细胞激活导致组织纤维化，是慢性GVHD的标志，累及到皮肤，粘膜，肝脏及肺脏。另一将慢性GVHD区别于急性GVHD与的重大发现是调节T细胞缺陷及B细胞平衡失调，产生自体反应B细胞并产生自身抗体，产生以自身免疫样症状为临床表现的慢性GVHD。目前紧迫地需要从基础免疫学，临床前模型以及临床研究得到的新发现，以在不久的将来建立起预防及治疗慢性GVHD的新方法。