基于同位素跟踪代谢组学的建立及其在肿瘤通路分析中的应用

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近年来,非靶向代谢组学广泛应用于分子机制的解释和疾病标志物的发现,然而代谢产物的浓度的变化难以反映代谢通路的变化,用同位素重标标记营养物质来追踪代谢去向的代谢流分析(MFA)能够提供更详细的通路信息来研究代谢网络。13C标记碳源物质是目前最常用的标记方法。同位素标记的代谢产物的鉴定对于代谢流分析和非靶向代谢组学的发展是至关重要的,我们基于高分辨轨道阱质谱建立了一个能够同时检测标记和未标记13C的代谢产物的流程方法:分别用碳源13C标记和未标记的培养基培养细胞,提取未标记培养基培养的细胞代谢产物,并利用之前建立的代谢产物数据库和二级质谱的信息确认这些代谢产物,同时所有标记培养基培养的细胞代谢产物的色谱特征峰被提取出来,并利用自己发展的"isotopic"软件从提取出的色谱特征峰中寻找可能的同位素物质,然后这些同位素物质通过与已鉴定的未标记代谢物进行关联和比对来确认或者在丰度高的情况下直接通过二级质谱确认,就能同时获得13C标记和未标记的代谢产物信息,用来进行进一步的代谢通路分析。我们准备将这个方法应用到HSP60敲低的肾癌细胞系和脑胶质母瘤细胞系中,进一步研究hsp60敲低对不同肿瘤代谢通路的影响,目前通过对hsp60敲低的293T代谢通路分析,发现在hsp60敲低后,氨基酸代谢通路受到了较大的影响,并且由13C葡萄糖标记追踪的嘌呤合成以及13C谷氨酰胺标记追踪的嘧啶合成都增多,说明HSP60敲低的293T细胞的DNA合成增强,与之前报道的细胞生长变快相符[1],同时,未标记的乳酸合成增多,进一步说明了糖酵解通路的增强(图1)。
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