冻土生态系统在全球生态系统中十分独特,冻土中含有丰富的微生物种类,这些适应低温的微生物,具有独特的群落结构,它们参与了冻土的元素循环,矿物形成和变迁,特别在甲烷的形成和循环、对全球环境和气候变化具有重要影响。我国是世界上第三冻土大国,祁连山冻土区属我国青藏高原冻土大区,以山地多年冻土为主。本研究在木里水合物钻区识别了5个主要的生态类型:高寒地衣-苔藓群落、高寒草原、高寒草甸、高寒沼泽草甸和高寒河流生态环境。本文主要介绍我们对2015年祁连山草原、草甸和沼泽草甸3类生态类型表层冻土中地质微生物及对甲烷渗漏记录和相应特征。结果表明,钻探区的甲烷含量明显高于背景区,微生物细胞丰度变化与甲烷变化对应良好。高寒沼泽草甸生态区古菌微生物比高寒草原和高寒草甸生态区多样性高,且含丰度和多样性高的产甲烷菌群。下部冻土剖面的甲烷浓度明显高于活动层,指示了其下部有甲烷气源;古菌群落在冻土土壤表层以泉古菌为优势类群,随深度增大广古菌相对丰度逐渐增多,直至底层广古菌成为优势类群;产甲烷菌群多样性在剖面活动层中较高,随着剖面深度的增加而降低,在冻土层的种类组成变为单一优势类群。