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糖组学是研究糖链结构与功能之间相互关系的一门科学,主要研究对象为各种生物体糖蛋白整套不同结构的糖链。但是,糖链结构非常复杂,在单糖残基种类、数量、连接顺序、还原端异头构型以及非还原端羟基连接位点等多个方面都具有多样性,而且,自然状态下各种结构糖链混合存在,具有微不均一性,尤其是各种复杂糖链同分异构体共存,为糖组学研究带来了不小挑战。因此,发展糖链的高分辨色谱分离方法、高通量结构鉴定和定量分析方法以及简便可靠的糖链结构数据库,是进行糖组学研究的关键。本研究首先通过逐步优化的方式分别建立了糖蛋白糖链双1-苯基-3-甲基-5-吡唑啉酮(PMP)衍生物通用的亲水液相色谱(HILIC)和反向液相色谱(RP-HPLC)分离方法,并且发展了以标准混合寡糖双PMP衍生物为参照标准的糖链相对保留时间计算方法,最终成功分离分析了猪胃黏蛋白、牛胎球蛋白和牛颌下腺黏蛋白O-糖链。分析结果表明,各种O-糖链双PMP衍生物在HILIC中主要根据分子量的大小进行分离,而在RP-HPLC中则主要根据分子内部连接方式和三维结构的差异进行分离,两种分离方式的相对保留时间之间无明显关系,而且不同聚合度糖链的HILIC保留时间相对标准误差(RSD)小于0.76%,RP-HPLC保留时间RSD值小于0.31%,这为进一步建立以HILIC和RP-HPLC相对保留时间为基础的糖链结构数据库奠定了方法基础和理论依据。以此为基础,经过进一步对色谱条件进行改进,建立了糖蛋白O-糖链双PMP衍生物的高分辨HILIC和RP-HPLC分离分别与高通量化电喷雾-质谱/多级质谱(ESI-MS/MS~n)实时分析在线联用的新技术,并进一步应用此技术对燕窝中的O-糖链进行了详细序列结构解析和定量分析,最终构建了燕窝O-糖链结构数据库和燕窝O-糖组信息数据库。结果表明,燕窝中共存在19种黏蛋白型O-糖链,其中包括3对同分异构体,并且9种为中性糖,7种为单N-乙酰神经氨酸(NeuAc)修饰糖链,3种为双NeuAc修饰糖链,这些糖链都得到了HILIC和RP-HPLC的高分辨分离以及在线串联ESI-MS/MSn的实时高通量化结构鉴定和定量分析,从而验证了这一分析技术的实用性和可靠性,为开展规模化糖组研究提供了一种理想的技术平台;进一步利用由HILIC相对保留时间和RP-HPLC相对保留时间所构成的有序实数对与O-糖链结构之间的一一对应关系构建燕窝O-糖链结构数据库,各种糖链结构之间的区分度高,无相互重叠现象,而且糖链结构的检索方法简便实用,为进一步建立系统化的糖链结构数据库奠定了理论基础和方法基础;在此糖链结构数据库的基础上加入各糖链在样品所有糖链中所占的百分含量信息,从而构建了燕窝O-糖组信息数据库,为进一步系统化建立各种生物样品的糖组"三维码"奠定了理论基础和方法基础。