在杂交大豆育种过程中,寻找新的大豆质核互作雄性不育细胞质源并选育成不育系十分重要。为筛选新的大豆不育细胞质源,利用覆盖6个生态区的43份野生材料和44份地方品种,配制杂交组合。共得到143个杂交组合F₁,2012年获得其中45个组合的BC₁F₁回交种,发现[（N23239xN04631）F₁×N04631]和[（N23661×N23658）F₁×N23658]两个组合呈现部分不育特性,花粉萌发率分别为10.05%和24.00-55.03%。对后一个组合连续回交至BC₄F₁代,得到了败育率为100%的植株,即大豆质核互作雄性不育系NJCMS4A。同时筛选到一个恢复源,初步实现NJCMS4A的"三系"配套。不育系NJCMS4A的细胞质来源于广东大埔地方品种N23661,同已有不育细胞质的来源均不相同。通过线粒体SSR和ORF标记分析N23661和另外3个不育细胞质N8855、N21566、中豆19的线粒体DNA发现,N23661的线粒体DNA同N21566、中豆19存在差异;利用线粒体基因组比较的方法发现,N23661的线粒体基因组同N21566、N8855存在差异;利用前人已发表的线粒体标记SCAR821发现N23661的线粒体DNA同另一不育细胞质汝南天鹅蛋存在差异。综上述,NJCMS4A的细胞质应为一新的不育细胞质。但本研究不能确定不同细胞质中的不育基因是否存在差异。在今后的试验中,应将NJCMS4A同尽可能多的保持系和恢复系配制杂交组合,通过后代育性来判断细胞质中不育基因之间的关系。