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辣椒杂种优势明显,但要求人工剥蕾去雄授粉,造成杂种制种成本高。利用CMS(Cytoplasmic male sterility)三系配套制种可以省去人工去雄,有利于提高种子纯度,降低制种成本,同时有利于品种权的保护。因此选育恢复性强、配合力高、农艺性状优良的恢复系就成为辣椒CMS在杂种优势利用中急需解决的主要问题之一。开发与辣椒雄性不育恢复基因紧密连锁的分子标记,可以有效加快恢复系的筛选进程。‘新科8号’是河南省新乡市农业科学院利用辣椒雄性不育系培育出的黄绿皮辣椒新品种。构建‘新科8号’F2群体(384株),2015年春季定植在新乡市农业科学院的育苗大棚。苗期取其叶片,CTAB法提取基因组DNA,用于分子标记开发和恢复基因定位;花期调查其育性表现,确定其遗传分离模式。辣椒基因组的测序与数据释放为辣椒CMS恢复基因的分子标记开发与利用带来了便利(http·//peppersequence.genomics.cn/page/species/index.jsp)。对现有辣椒CMS恢复基因分子标记引物的核酸比对把辣椒CMS恢复基因定位在Chr06染色体上,随后合成了已公布的辣椒Chr06染色体遗传图谱上的引物,在384株组成的‘新科8号’F2群体进行分子标记扫描,鉴定与与辣椒CMS恢复基因连锁的分子标记;在初步定位的基础上,利用辣椒品种‘遵辣2号’的参考基因组序列开发新的SSR分子标记。随后利用Eppendorf 384孔PCR.仪对样品PCR扩增,PCR引物利用ABI3 130 xL遗传分析仪快速检测分型,最后利用Genescan和Genographer软件分析基因型数据。在对辣椒CMS恢复基因的遗传模式研究中发现,384株F2后代中,雄性不育株93株,可育株291株,卡方检验发现可育对不育的比例符合3:1的孟德尔遗传规律,说明辣椒雄性不育恢复基因为一对显性基因控制。利用合成的127对引物中找到了与辣椒恢复基因连锁的分子标记17个,构建了辣椒‘新科8号’CMS恢复基因的分子遗传连锁图。其中,离恢复基因最近的两个标记是scd06-53和scd06-63,与辣椒CMS恢复基因的遗传距离分别为2 cM和0.3 cM,两个标记之间的物理距离大约为520 kb,这为下一步辣椒CMS恢复基因的精细定位和图位克隆奠定了研究基础。