羊肚菌实时荧光定量PCR内参基因的筛选

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qRT-PCR结果的可靠性取决于作为标准化的内参基因的稳定性。近年来的研究表明,内参基因的表达在不同条件下不是恒定不变的。因此,在进行定量实验前,对特定条件下内参基因的稳定性进行验证是非常必要的。羊肚菌作为一种重要的食药用菌,在内参方面的报道几乎是空白的。在这里,根据梯棱羊肚菌转录组数据选择了几个候选基因设计引物,在三种不同的实验条件下用ge Norm和NormFinder评估候选基因的稳定性。选择几个在梯棱羊肚菌6种不同发育阶段、6种不同碳源培养下以及温度胁迫条件下稳定表达的基因,在10种羊肚菌属的物种中测试了所选基因的广泛适应性。结果显示,ACT1和INTF7是羊肚菌属表达最为稳定的基因,CYC3可用做羊肚菌不同发育阶段下的内参基因,在不同碳源培养条件下可选择INTF4/AEF3作为管家基因,而INTF3/CYC3则显示了在温度应激下的稳定性。液泡蛋白分选(INTF3),液泡ATP合成酶(INTF4)和涉及基本生物学过程的14-3-3蛋白(INTF7)首次被验证为定量PCR的候选参考基因。此外,我们还发现内参基因在这三种不同实验条件下具有较大的差异,这也间接表明了鉴定特定条件的特定内参基因的重要性。
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