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水稻条纹病毒(Rice stripe virus,RSV)是纤细病毒属(Tenuivirus)的典型成员,曾分布于我国16个省市,至今仍在部分省市暴发流行,给我国水稻生产造成了严重损失。对水稻植株的RSV遗传多样性已有相关报道,本文主要分析了来自于灰飞虱的RSV的遗传多样性。对采自江苏、云南、山东、河北等地21个分离物,提取灰飞虱总RNA,以RSV日本T分离物的RNA2、RNA3和RNA4的基因序列设计引物,经RT-PCR扩增,获得其CP、NS2、NS3和SP基因的全长片段。序列测定表明,4个基因分别由969、600、636和537个核苷酸组成。与已报道的其他RSV分离物序列同源性比较发现,灰飞虱携带的21个RSV分离物4个基因分子变异较小,其核苷酸和氨基酸序列同源性达95.5%和96.0%以上。结合已发表的各地RSV分离物,应用DNAMAN分析软件分析表明,灰飞虱携带的21个分离物基本聚为一组;21个分离物中云南3个分离物的CP、NS3和SP基因都在一组,NS2基因除LS-YNBS042外其他两个分离物在一组,表明云南独特的地理气候条件和丰富的生物多样性可能造成了云南RSV较为复杂的遗传分化。研究还表明不同地域和时间采集的RSV分离物间CP、NS2、NS3和SP 4个基因其变异较为稳定,与地域和时间之间没有明显的相关性,核苷酸同源性达97.2%以上且遗传距离在0.020以下,4个基因的变异多为碱基替换,大部分为无义突变。CP、NS2、NS3和SP基因的遗传多样性值分别为0.2000、0.1933、0.2500和0.2875,其保守性顺序为NS2>CP>NS3>SP,暗示这4个基因所编码的蛋白在病毒与寄主及介体昆虫互作过程中所受到的选择压力可能不同。