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本文对中西医学思想的哲学基础进行了初步的比较研究,认为西医的演进路向基本秉承了西方哲学的原子主义思想,重视器官而忽略整体,中医则上接八卦五行的关系主义思想,注重整体关联而略于器官的独立性。两种医学思想在处理病体的时候互有优劣,未来世界医学的发展是走原子与关系的二象性道路,这有待于一种新的更有包容性的哲学思想的形成。