褐色橘蚜(Toxopterac citricida Kirkaldy)隶属于半翅目(Hemiptera)、蚜科(Aphidiae),是重要的柑橘害虫,也是柑橘衰退病(citrus tristeza virus,CTV)病毒的主要传播媒介。橘蚜分为有翅和无翅两种翅型,无翅型橘蚜繁殖能力较强而有翅型橘蚜有强壮的飞行肌从而使CTV在柑橘产区传播。本研究利用高通量测序技术获得褐色橘蚜转录组信息,共获得44 199条Unigenes,其中,长度在1 kb以上的Unigenes共有9 468条。同时进行Unigenes的生物信息学注释,包括与NR、Swiss-Prot、KEGG、COG、GO数据库的比对,共获得27 640条Unigeines注释结果。分别提取有翅成蚜及无翅成蚜RNA通过高通量测序,进行差异表达基因数字表达谱分析,分析结果发现5 749条差异表达基因,其中无翅型相比有翅型上调基因数为5 470条,下凋基因数为279条。通过qPCR对差异表达基因表达谱结果进行验证,结果表明,二者在总体趋势上保持一致,但是,差异倍数有所不同。本研究结果为今后褐色橘蚜抗性、翅型分化等相关研究奠定了一定的分子基础。