本文重点讨论南黄海和东海大型底栖动物的长期变化。结果表明:南黄海大型底栖动物群落生物量的季节差异显著,群落结构在不同时期和不同区域均有显著差异,在东部区域丰度增加最明显的物种是浅水萨氏真蛇尾,在西部区域丰度持续增加的物种包括5种多毛类动物,西部和中部区域的物种多样性和优势种比例比较稳定,环境因子如深度、温度和盐度只能部分地解释南黄海大型底栖动物群落的变化,太平洋年代际振荡和南方涛动指数是显著影响南黄海大型底栖动物群落的气候指数;南黄海大型底栖动物的长期变化主要受人类活动影响;近岸物种逐渐小型化和单一化,而远海物种保持稳定;东海大型底栖动物群落在区域之间差异不显著,近海群落与总氮以及总有机碳含量在春季呈正相关,在夏季呈负相关,远海群落与总氮以及总有机碳含量在春季和夏季均呈正相关;黑潮从台湾东北部海域经两个底层分支流侵入东海陆架,深度和浊度是显著影响大型底栖动物分布的环境因子,推测黑潮分支群落形成时间不长,但已经是稳定的群落;东海底层鱼类的多样性和分布情况以及黑潮底层分支的影响表明东海大型底栖动物群落分布与黑潮侵入密切相关。