目的:应用基因测序分析进行奴卡菌鉴定,并通过分析临床分离的盖尔森基兴奴卡菌、其他奴卡菌属细菌、非结核分枝杆菌的16S rRNA基因及hsp65基因片段的差异并构建其系统发育树,为进一步研究奴卡菌奠定基础。方法:通过生化反应及药敏试验等传统方法对临床分离株进行鉴定;PCR扩增临床分离株的16SrRNA及hsp65基因并测序;从NCBI下载常见奴卡菌、非结核分枝杆菌的16S rRNA及hsp65基因序列并进行同源性比对。利用MEGA程序进行16S rRNA及hsp65基因比对并构建系统发育树。结果:生化反应及药敏试验等传统方法不能将临床分离菌株鉴定到种;成功扩增了临床分离菌株的16S rRNA及hsp65基因片段,得到测序结果,经比对与盖尔森基兴奴卡菌的同源性极高,分别达100%和99%,进化树中该菌株16S rRNA序列亲缘关系与盖尔森基兴奴卡菌及星型奴卡菌比较相近,hsp65基因序列与盖尔森基兴奴卡菌比较相近。系统发育树表明不同种的奴卡菌间的距离比较接近,仅凭16S rRNA分析不能将其完全区分,需结合其他基因序列分析,如hsp65基因序列分析;目前常用于检测的基因有16S rRNA、hsp65、rpoB、secA1基因等;奴卡菌与非结核分支杆菌进化距离较远,因此可以根据基因分析很好地将两者区分,避免临床误诊误治。结论:DNA测序分析能够快速、简便、准确地鉴定奴卡菌,但需结合多个基因分析才能鉴定到种。奴卡菌的快速鉴定在临床治疗中起重要作用。