本研究利用12个微卫星DNA 标记，研究了大额牛、德昌水牛、兴隆水牛、三江黄牛、大通牦牛、黑白花奶牛等6个牛种或品种的遗传多样性及系统分化关系。结果表明：从等位基因频率、基因杂合度、多态信息含量、有效等位基因数等指标来看，在6个牛种或品种中，黑白花奶牛和三江黄牛的遗传多样性最丰富，德昌水牛、兴隆水牛、大通牦牛等3个群体的遗传多样性比黑白花奶牛和三江黄牛低，高于大额牛，大额牛的遗传多样性最贫乏。这与血液蛋白、染色体等方面的研究结果一致，也同各牛种的地理分布范围大小一致，显示出分布范围广的遗传多样性丰富，而分布范围小的遗传多样性相对贫乏；也说明不同牛种之间分化时间虽然已达几百万年之久，但微卫星DNA 标记仍然可以用于比较研究他们之间的遗传多样性。但其聚类结果与以往的聚类结果不尽一致，表明牛种间微卫星DNA 上的差异与其他层次差异是不相同。