近年来,化学信息学在功能材料与分子设计、产品质量评价与控制、环境检测与控制、生命与健康、数据挖掘、复杂体系分析、疾病诊断、质量评价与控制、智能分析仪器、新产品开发及化学信息的搜索与共享、数据挖掘与知识发现等研究领域中均发挥了重要作用。化学计量学方法在复杂体系分析方面取得了丰硕成果。小波变换、独立成分分析、免疫算法等方法在复杂分析化学信号分析中得到应用,并且在细胞分析和药物发现等领域有了新的研究进展。高维数据的挖掘给复杂体系动力学研究提供了新的思路。化学计量学在代谢组学研究中越来越受到重视,模糊C-均值聚类算法(FCM)等方法被用于代谢组学数据的分类,非相关线性判别式分析方法(ULDA)有望成为一种强大的代谢组学数据挖掘工具。化学计量学还促进了光谱分析技术的发展,使生理样本中葡萄糖浓度及无创血糖检测技术得以建立,近红外光谱用于过程分析和药理代谢组学研究也得以提出并得到应用。理论与计算化学是化学信息学的传统研究内容,近年来在理论方法、程序以及应用等方面都取得很大进展。理论化学计算与实验相结合用于合成化学和材料设计也得到了很好的效果。基于分子力学的分子模拟技术得到发展,并在物理化学性质的预测方面发挥了重要作用。分子动力学模拟已成为预测体系性质及解释实验现象的有效工具。新的优化算法不断涌现,粒子群优化算法用于团簇的结构优化,无偏优化算法实现大尺寸团簇的结构优化,合金团簇的结构优化方法得到了进一步的完善。计算机辅助药物设计、虚拟筛选(VHTS)和定量构效关系(QSAR)等是化学信息学研究的重点内容,为科学研究提供了可靠的公共数据。化学信息的组织、管理与应用是化学信息学的核心研究内容。为了有效地管理和利用大量的化学信息,化学信息管理系统、虚拟筛选平台、数字图书馆以及Internet化学资源的检索系统得到了迅速发展。