由于雉科鸟类经历了快速的辐射进化,许多物种在很短的时间内种化,再加上鸟类广泛的基因交流和种间杂交,导致雉科鸟类系统进化关系至今仍存在许多争议。本研究选用3种不同的遗传标记系统:4个CR1位点序列、4个scnDNA和2个线粒体DNA基因,以四川山鹧鸪为外群,综合不同的遗传标记系统对8种雉科近缘物种间的系统进化关系进行了研究。结果显示基于不同遗传标记构建的系统树大致相似,许多进化支都有很好的支持率,其中基于CR1位点序列的系统树与综合三类标记构建的进化树最相似。8种雉科鸟类形成了3个主要谱系,包括红腹角雉-四川雉鹑-绿尾虹雉谱系、雉鸡-白腹锦鸡-白冠长尾雉谱系和火鸡-勺鸡谱系,这些进化谱系在各遗传标记中都获得了较高的支持率。其中四川雉鹑和绿尾虹雉之间存在更近姐妹群关系,支持率达到BPP=1.00;相比其他的雉科鸟类,火鸡和勺鸡亲缘关系最近,为雉科中分化时间较晚的两个类群。此外,我们发现基于不同的遗传标记构建的火鸡的进化地位存在差异。通过采用不同的遗传标记系统,综合分析雉科鸟类近缘物种间的系统进化关系,可以克服单一标记所形成的偏差,从而较好地解决了分化时间短、亲缘关系近的一些系统进化关系。我们的研究结果也表明CR1位点序列包含丰富的系统进化信息,是非常有用的遗传标记,从而为雉科鸟类的系统进化研究提供了新的途径。