由稻瘟病菌(Magnaporthe grisea,无性阶段:Pyricularia grisea)引发的水稻稻瘟病是世界各水稻种植区最具毁灭性的真菌病害之一,易变性是稻瘟菌的显著特性之一,其中寄主选择是引发其变异的主要动力之一。江苏和辽宁均为粳稻种植区,有相似也有不同的农田生态环境,两地稻瘟菌群体多样性有无异同尚无系统研究。本文采用传统的致病性测定方法及Pot2-rep-PCR分子标记技术对2011年采集自苏辽两地的稻瘟病菌株进行群体多样性分析,结果表明,利用7个中国生理小种鉴别品种可将江苏菌株划分为5群12个小种,其中ZG1为优势小种;辽宁菌株可划分为7群21个生理小种,其中ZG1、ZC15为优势小种。两地相比辽宁菌株小种类型丰富,但优势小种G1小种的优势度低于江苏菌株。利用日本清泽系鉴别品种可将苏辽菌株分别划分为37个、46个小种(有11个小种相同),其中江苏优势小种为011、次优势小种为011-2和000,辽宁优势小种为011-2。苏辽两地日本小种的分布特点类似于中国小种的分布特点,以辽宁小种类型丰富。两地菌株毒力频率相比,辽宁菌株的毒力普遍强于江苏,一般辽宁菌株的毒力频率是江苏的两倍以上,在个别品种如草笛上毒力差异极显著(毒力频率分别为93.46%、8.20%),少数品种上两省菌株毒力频率差异不大如新2号和K1,前者普感,后者普抗。利用Pot2-rep-PCR技术对257个苏辽菌株进行遗传多样性分析,在75%相似水平上可将参试菌株划分为13个系谱,其中江苏有12个优势系谱为L11、L12、L4,辽宁菌株有6个系谱优势系谱为L12。参试菌株的遗传系谱与小种类型之间无明显相关性,苏辽两地稻瘟菌株的毒性多样性与遗传多样性的丰富度相反,其中的原因有待进一步研究。