流感病毒感染人体后,除引发呼吸道病毒感染外,还会引起流感相关的并发症。其中,流感病毒感染后的继发性细菌感染,在儿童中死亡率较高,成为流感患儿的重要高危因素。呼吸道菌群在维持呼吸道稳态的具有重要作用,本论文研究流感病毒感染后,肺部继发性细菌侵袭的重要走廊—气管支气管等下呼吸道菌群在不同感染时期的组成变化。使用流感病毒感染的小鼠,在症状前驱期、急性期、恢复期及痊愈期,分析了下呼吸道菌群的漂移和部分迁徙。正常小鼠下呼吸道含有一个结构相对稳定的微生物菌群,优势菌群有变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)和放线菌门(Actinobacteria)。流感病毒感染后,小鼠下呼吸道微生物菌群结构和物种多样性在急性期、恢复期和痊愈期均发生变化,下呼吸道α-变形菌纲优势菌向γ-变形菌纲和放线菌门漂移;极低丰度菌属增多,菌群结构变复杂,物种多样性升高,并且在痊愈期也未恢复,且链球菌属(Streptococcu)和葡萄球菌属(Staphylococcus)等致病菌属相对丰度升高,为继发性细菌感染提供了便利条件。初步筛选出与流感病毒感染时期相关的潜在特征,急性期有嗜盐菌属(Halomonas)、斯瓦尼菌属(Shewanella)和梭菌目(Clostridiales),恢复期有芽孢杆菌目(Bacillales),痊愈期有放线菌门(Actinobacteria)。转录组检测结果表明,流感感染诱导了细菌感染和免疫应答相关基因的表达显著差异,亦改变了支气管肺泡灌洗液(BALF)部分代谢产物的变化。流感病毒感染诱导下呼吸道微生物菌群、转录组和代谢组发生改变,可能会使宿主对继发性细菌感染敏感。