固定化表面活性剂在蛋白质组质谱分析中的应用

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在常用的蛋白质组学"Bottom-up"分析策略中,表面活性剂常用于蛋白质样品的前处理过程[1],通过使蛋白质增溶和变性提高蛋白质的回收率及酶解效率[2]。十二烷基磺酸钠是蛋白质样品前处理过程中一种常用的表面活性剂,然而其不易除去,会对蛋白酶活性、肽段的色谱分离及质谱分析造成干扰。为此,如图1所示,我们制备了一种固定化表面活性剂,一端为Fe3O4磁性纳米颗粒,具有亲水性和磁性,作为亲水端且能够通过外加磁场轻易除去[3];另一端为含有18个碳原子的长碳链,作为疏水端,可插入蛋白质内部,将其变性或起增溶作用。以BSA为标准蛋白比较常规方法和固定化表面活性剂对蛋白的酶解效率,结果表明使用固定化表面活性剂将其变性后进行酶解,质谱分析结果显示其平均肽段覆盖率为42.1%,与常规方法(23.8%)相比提高了76.89%,具有较好的蛋白质变性能力。进一步使用固定化表面活性剂提取HeLa细胞全蛋白,得到的蛋白数与常规方法(常用0.1%SDS[4]或8 MUA[5]作为蛋白质裂解液)相近,表明固定化表面活性剂具有较好的蛋白质变性、增溶的能力,并且能够避免SDS不易除去及UA盐浓度过高的缺点,可用于复杂生物样本的处理中,提高蛋白质组的覆盖率。
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