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利用AFLP分子标记技术对南瓜属4个栽培种中的88个品种间亲缘关系进行研究。从64对引物中筛选出10对引物进行选择性扩增,共获得515条清晰可辨的标记,其中多态性条带202条,多态率39.22%。聚类分析结果表明:黑籽南瓜与西葫芦的亲缘关系较近,与南瓜的亲缘关系次之,与笋瓜的亲缘关系最远。三个常见的栽培种中西葫芦与南瓜的亲缘关系较近,与笋瓜的亲缘关系较远。