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高通量的新一代测序技术在基因表达、注释和突变筛查等方面显示了强大的功能。本文应用454公司的高通量测序系统GS FLX Titanium对栉孔扇贝的转录本进行了测序分析,首次将新一代测序技术应用于贝类的基因和突变筛查。分别提取栉孔扇贝不同发育时期幼虫以及成体各组织总RNA,利用SMART技术反转录获得全长cDNA,并对幼虫和成体各组织cDNA进行了识别标记,经过超声波打断、接头连接和PCR扩增后获得454测序文库。两个测序标准反应共获得1,224,989条序列,平均读长337bp,去除短读长序列和接头序列后的有效序列为1,099,254条,平均读长294bp。对有效序列拼接得到50,179个contigs和123,706个singletons。对拼接后的数据进行了基因名称注释、GO注释、KEGG代谢通路注释,利用QualitySNP分析获得超过70,000个SNP位点,并进行了有效性验证。该研究为栉孔扇贝基因表达调控研究提供了大量基础数据。