次生代谢产物与转录调控紧密相关。通过结构域预测和序列同源比对,我们在灵芝基因组内鉴定出600多个调控蛋白,约占灵芝预测蛋白的4%。其中249个调控蛋白,与裂褶菌、黄孢原毛平革菌具有共线性,暗示灵芝部分基因调控网络可能是保守的。锌指结构蛋白家族是灵芝基因组内最多的转录因子,与真菌中特殊的次生代谢途径的调控有关,在被鉴定的调控因子中,包含117个具有CCHC结构的蛋白、81个具有C2H2结构的蛋白、73个具有Zn2Cys6结构的蛋白。用antiSMASH或SMURF软件预测到6个锌指蛋白定位在基因簇中。表观遗传修饰在次生代谢调控上同样重要,共33个GCN5相关蛋白,15个PHD相关蛋白,19个SET相关蛋白和8个HDAC相关蛋白。Velvet蛋白是一类在真菌中高度保守的调控蛋白,是子囊菌中响应光信号,调控真菌次生代谢产物合成与生长发育的关键因子。在曲霉属中,Velvet蛋白复合体(VelB-VeA-LaeA三聚体)从表观遗传学层面对基因组进行全局调控,控制子实体发育及柄曲霉素(sterigmatocystin,ST)和盘尼西林(penicillin)合成。通过基因组鉴定,在多种担子菌中也发现了Velvet家族的同源基因,但目前尚未有相应的功能研究报导。我们在赤芝基因组中也发现了4个Velvet家族基因。其中通过序列相似性和基因位置关系,鉴定其中两个为VeA和VelB。进一步的功能研究我们会应用课题组新建立的灵芝遗传转化体系进行验证。