微生物碳酸盐岩是鄂尔多斯盆地马家沟组主要的储集层之一。在鄂尔多斯盆地南缘,马家沟组1、2、5、7、9段和马六段发育大量微生物碳酸盐岩。本文对马家沟组的微生物碳酸盐岩进行了系统研究,识别了粉晶白云岩、叠层石白云岩/灰岩、层纹石白云岩、团块状微生物白云岩、角砾状白云岩、砂质白云岩等岩石类型,建立了微生物碳酸盐岩演化序列。微生物碳酸盐岩的发育与膏盐岩之间存在内在联系,反映了微生物碳酸盐岩发育受到盐度的影响。正常盐度环境发育与宏体生物伴生的少量微生物灰岩,以及微生物白云岩;盐度较高的海水环境发育膏质微生物白云岩(包括膏质鲕粒白云岩),微生物白云岩与膏质云岩呈互层状,或微生物白云岩呈团块状分布于膏质云岩中;高盐度海水环境发育膏岩甚至盐岩,未见微生物碳酸盐岩沉积。沉积格局控制了微生物碳酸盐岩的分布,古地貌和岩溶叠加改造对微生物碳酸盐岩储层具有建设性作用。通过对叠层石、层纹石等70个微生物碳酸盐岩样品分析,发现微生物碳酸盐岩TOC范围为0.636-4.63,具有高的生烃能力,生烃潜力巨大,可以成为鄂尔多斯盆地主要的烃源岩之一。