人工合成小麦在小麦育种中的应用潜力很大,但其自身的农艺性状差,育种家利用的积极性不高、应用范围有限。为提高其育种利用效率,我们提出"双顶交-两段选择"育种方法,其核心程序如下:人工合成小麦与三个新品种（系）依次杂交,构成"双顶交"F₁群体,这些杂种理论上保留1/8的合成小麦基因组。第一次顶交获得的F₁,随机选择1-3株抗病单株进行第二次顶交,混收后种1行,然后对条锈病选择,混收得到F₂群体。F₂和F₃的强选择是减小育种群体规模的关键。F₂和F₃聚焦淘汰硬壳、晚熟、植株高、感条锈病等,不考虑产量性状。大约100-200株的选择群体就能获得目标植株。在F₄及以后的世代,聚焦选择产量性状。对利用该方法选育的三个高产品种进行分析,发现三个品种保留的合成小麦基因组片段差异大,共同渗入区段少,表明合成小麦在育种中的遗传匹配性强。QTL分析发现,合成小麦大约贡献一半的正向选择QTL位点。因而,人工合成小麦作为育种亲本并没有什么劣势。