花椒具有重要的经济价值、药用价值和生态价值,而花椒锈病是为害花椒树的主要病害之一,常可引起花椒叶片变色、坏死、脱落,严重时导致花椒全树叶片落光,反复侵染,致使树势衰弱,甚至死亡,严重影响花椒的产量和质量。本研究通过对具不同花椒锈病症状的花椒锈菌进行孢子形态观察,以及对其ITS序列进行分析对比的结果表明:花椒锈病症状类型多样,在花椒锈病发病的初期,花椒叶片产生水渍状大小不等的一到多个病斑,随着侵染程度的加深,花椒锈病的病斑有的分布不规则,单独一个夏孢子堆形成一个病斑(野花椒锈病);有的以一点为中心,其余的以此为中心,围成一圈(曲靖花椒锈病和绿花椒锈病);还有的以一点为中心,外面围成两圈,到了发病的后期,位于外面一圈的孢子堆变为红褐色(红花椒锈病)。通过病原鉴定,采集自不同花椒上具不同症状的花椒锈病的病原菌均属于担子菌亚门(Basidiomycotina)、冬孢菌纲(Teliomycetes)、锈菌目(Uredinales)、鞘锈菌科(Coleosporaceae)、鞘锈菌属(Coleosporium sp.)、花椒鞘锈菌(Coleosporium zarathoxyli);利用ISSR分子标记分析了不同花椒上的鞘锈菌的群体遗传结构,以及花椒上的锈菌与石斛上的锈菌的群体遗传结构,结果表明:野花椒上锈菌的群体遗传多态性更丰富,其观测等位基因数Na(1.629 6),有效等位基因数Ne (1.246 5),基因多样性指数H (0.157 7),Shannon’s信息指数I (0.251 9)、多态性位点数(204)和多态性位点百分比(62.96%)均最大。