柑橘种质创新和品种改良是产业持续发展的基础。中国柑橘资源丰富，为新品种的选育提供了良好的基础，几十年来中国在柑橘新品种选育上取得了很大的进展，但并没有实现资源优势向品种优势的全面转变。在未来相当长的一段时间内，中国的柑橘仍将以鲜食为主，加工为辅，因而品种选育也应定位在鲜食品种为主上。宽皮柑橘是中国的主栽品种，面积较大，应以改良品质、延长供应期为主；脐橙目前主栽品种太单一，需加强早熟和晚熟耐贮品种的选育；地方品种如冰糖橙等也需加强品系选育，形成品种群。加工品种目前为制罐制汁品种并举，逐步将过渡到以制汁品种为主，重点是搞好品种搭配，延长加工期。砧木育种比较落后，未来将全面启动各生态区的砧木育种工作.建议实行多途径选育种，注重常规育种与生物技术育种的结合，加强选种，按程序引种，有选择地进行杂交育种。