红鳍东方鲀是重要的经济鱼类之一。近年来,由于各种疾病的影响,红鳍东方鲀的养殖受到严重干扰。干扰素γ(IFN-γ)是鱼类先天重要的免疫基因。本研究利用转录组分析比较了注射IFN-γ的红鳍东方鲀肾脏中(Ts)和没有注射IFN-γ的肾脏中(Cs)的差异。两组样本共产生了109,140,188个原始数据,其中106,717,920个处理后的数据,共鉴定了19,124个表达基因,其中292个为差异基因,Ts中有171个上调基因和121个下调基因。通过基因与基因百科数据库(KEGG)和聚类分析发现了,G蛋白耦合的受体和细胞因子受体能够相互作用,进而影响了干扰素Jak-STAT信号通路。此外,蛋白质互作分析(PPI)结果表明,IFN-γ能够影响以MAPK6为中心网络的表达,说明了IFN-γ可能激活MAPK信号通路。这些结果揭示了IFN-γ在红鳍东方鲀肾脏中的分子机制,此外,在鱼类养殖中,体外注射IFN-γ重组蛋白质可以抵抗病原体,并可以作为红鳍东方鲀抵抗疾病的候选疫苗。