从乡土建筑遗产的概念与界定及中国乡土建筑遗产的特点出发,针对当今在全国范围内开展的新农村建设推进过程中乡土建筑遗产保护的现状及面临的问题,提出了乡土建筑遗产的整体性保护原则,并从时间上的整体性保护、空间上的整体性保护、物质文化遗产与非物质文化遗产的整体性保护三个方面着重论述了整体性保护原则的各项要点。同时,本文结合《福建南靖土楼文物保护规划——和贵楼、怀远楼分册》这一具有代表性的案例,探讨了整体性保护原则在文物保护规划中的具体应用:在空间的整体性上,该规划将两处国家级文物保护单位及其周边自然及人文环境共同纳入一个统一的文物保护规划中;在时间的整体性上,规划尊重乡土建筑遗产在长期的发展演进过程中留下的各种历史信息,并加以挖掘和保护,而且通过居民调控、环境保护、整体的展示利用等措施保证这一过程在未来的延续性和完整性;同时,规划强调了对于土楼建造技术及富有地方特色的民风民俗等非物质文化遗产的保护。在新农村建设进入关键性阶段的今天,探索一条具有可操作性的对乡土建筑遗产进行整体保护的规划思路无疑是有着积极意义的。