论文部分内容阅读
引言鸭圆环病毒(DuCV)属于环状病毒科圆环病毒属成员,是单链环状DNA,大小约1.99 kb左右,包含三个主要开放读框(ORF),ORF1、ORF2和ORF3。鸭圆环病毒感染后鸭羽毛紊乱、机体状况差、体重减轻,并引起淋巴细胞耗竭,组织细胞增生症等,容易引起免疫抑制作用。流行病学调查发现鸭圆环病毒在鸭群中流行率比较高,病毒可通过水平和垂直方向传播。从2007年中国首次报道该病毒感染以来,随后多个省市均报道证实鸭圆环病毒的存在,阳性率15.28%-81.63%不等。本研究目的通过调查西南两省(广西壮族自治区和云南省)鸭圆环病毒的流行情况,为进一步发现病毒遗传变异规律奠定基础。材料与方法在活禽市场分别采集来源于广西壮族自治区和云南省的鸭组织样品,包括脾脏、肝脏、心脏、肾、法氏囊等器官。提取基因组,进行PCR鉴定。PCR产物送大连宝生物工程公司进行核苷酸序列测定。使用DNAStar软件进行序列拼接并使用MEGA5.0软件构建遗传进化树,进化分析采用neighbor-ioining法。使用重组检测软件RDP4和SimPlot3.5.1对序列进行重组分析。结果与讨论本研究对2012-2013年来源于两省的200份鸭组织进行了PCR扩增和测序。共检出10份鸭圆环病毒阳性,完成其中6株全长测序。分别命名为YN24/2013、YN26/2013、YN27/2013、NN11/2012、NN12/2012、NN13/2012。经测序后拼接获得6株鸭圆环病毒全长与GenBank上德国、美国、中国台湾和中国大陆的分离株序列进行同源性分析发现同源性在82.2%-99%之间。YN26/2013,YN27/2013,NN11/2012,NN12/2012和NN13/2012与基因Ⅰ型的German(德国分离株)同源性在94.4%-97.7%之间,属于鸭圆环病毒Ⅰ型;YN24/2013与TC1/2002(台湾分离株)、GX1104(广西分离株)同源性分别为97.2%和98.3%,因此YN24/2013与TC1/2002(台湾分离株)、GX1104(广西分离株)等同为鸭圆环病毒Ⅱ型。为了能更好的揭示本研究的发现,应用RDP4和SimPlot3.5.1重组软件对序列进行重组分析。结果表明YN26/2013、YN27/2013基因间隔区(927~1159nt)存在多处基因位点的突变。该区域存在与基因Ⅱ型GX1104发生重组。基因间隔区存在重组,为我们更好的了解鸭圆环病毒不同基因型之间重组提供可靠的支持。这些结果不仅丰富了目前鸭圆环病毒的数据库,为进一步发现病毒遗传变异的规律奠定了基础。