株高是影响小麦产量潜能的重要因素,且为多基因控制的数量性状。本研究利用高密度的小麦90K SNP芯片对西南麦区192份小麦品种(25份合成六倍体,80份地方品种,87份育成品种)进行株高性状的全基因组关联分析。结果共发现57个与株高相关的显著SNP位点,覆盖了19条染色体的50个区域。其中6个区域出现2个以上的SNP位点,10个位点至少在2个环境稳定表达。在四个环境中共同表达的4个SNP位点成簇分布在2A染色体2.2Mb的区段内,在该小麦群体中形成两种单倍型。进一步研究发现,其中2个SNP位点位于TaUBP24基因上,该基因编码一种泛素特异性的蛋白酶,且与株高显著相关。另外,6B染色体上的9个SNP位点成簇出现在前人已报道的qPh-6B位置。本研究中发现的基因及SNP位点将用于开发新的分子标记,并应用于小麦育种。