目的通过对宏基因组学方法在人体肠道微生态研究方面文献的学习和综述,从而充分发掘宏基因组学方法在研究人体肠道微生态及其相关疾病中的作用,同时发现宏基因组学方法目前还需继续完善的方面。方法搜索和分析国内外利用宏基因组学分析方法研究人体肠道微生态及其相关性疾病的文献。结果宏基因组学方法在研究人体肠道微生态中不仅可以完善其他微生态研究方法的不足,还可以有助于获得许多新的发现,比如:发现肠道微生态存在着巨大的物种多样性,发现肠道细菌基因中存在着多种酶相关性基因,发现肠道微生物基因中存在许多抗生素抗性基因,发现肠道细菌与人体的某些物质代谢相关,发现肠道微生物有与人体共同进化的关系,发现肠道微生物与人体肠粘膜之间存在相互作用,发现肠道微生物失调与肿瘤和某些疾病的发生发展存在密切相关性。同时宏基因组学目前在肠道微生态研究方面还存在许多不足之处,比如:数据库还不够完善,生物信息学分析方法复杂等。宏基因组学结合宏转录组、宏蛋白组学、宏代谢组学可以更加深刻地研究人体肠道微生态。结论宏基因组学方法在研究人体肠道微生态方面与培养、分子生物学方法、其他二代测序方法相比存在着明显的优势,但目前其需要改进的方面还有许多。宏基因组学研究方法结合宏转录组学、宏蛋白组学、宏代谢组学方法在更为深刻地了解人体肠道微生态,在肠道微生态相关性疾病的诊断、治疗方面存在着巨大的潜力。