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开发了蓝点马鲛(Scomberomorus niphonius)10个多态微卫星位点的引物,并对蓝点马鲛四个地理群体(山东青岛、东海外海、宁波象山港和台湾海峡)的遗传多样性以及种群结构进行分析。青岛群体(42个体)、东海外海群体(42个体)、象山港群体(41个体)和台湾海峡群体(40个体)的观测杂合度(Ho)平均值分别为0.753、0.733、0.599和0.680,固定指数(Fis)平均值分别为-0.173、-0.187、-0.026和-0.134,多态性信息含量(PIC)平均值分别为0.577、0.585、0.566和0.569。群体与群体之间的近交系数(Fst)为0.0069~0.0201。AMOVA分析表明遗传变异主要发生在个体之间,群体之间变异较小。这些结果说明各群体遗传多样性较高,群体内部遗传变异不大,群体间遗传分化较小,基因交流频繁。根据Nei遗传距离构建的UPGMA系统进化树显示青岛群体与东海外海群体的亲缘关系最近,而青岛群体与台湾海峡群体的亲缘关系最远。在青岛、东海外海和台湾海峡,蓝点马鲛的捕获量都比较大,表明蓝点马鲛的资源较丰富,与群体较高的遗传多样性相吻合;但象山港蓝点马鲛捕获量近年下降,是捕捞过度还是由于象山港火力发电站和象山港大桥的建成对环境的影响,其原因需进一步分析。