基于毛细管电泳技术的蛋白质分子的分离具有峰形尖锐、样品残留少、无峰拖尾、分离效率高、分辨率高、检测灵敏度高等诸多优点。我们在这里讨论安捷伦的7100型毛细管电泳和6545XT Q-TOF质谱的联用系统。在这个系统中,我们使用了一种新型的基于电渗流泵的纳流电喷雾接口,即CMP质谱科技公司的EMASS-II型毛细管电泳与质谱联用(CE-MS)离子源技术。这种新型CE-MS联用离子源能实现安捷伦的7100型毛细管电泳和6545XT型Q-TOF质谱的有效且方便的联用。在此基础上,我们以美国国家标准与技术研究院的标准单抗、贝伐单抗、曲妥珠单抗、西妥昔单抗、达雷木单抗、以及派姆单抗作为例子,展示对于重组蛋白质生物药的一系列重点应用。其中包含整体分子量、还原单抗、IdeS酶解亚基等的CE-MS分析。这套安捷伦与CMP配套使用的新型CE-MS联用系统的应用潜力在最近的Fc融合蛋白的体内代谢、和全自动毛细管等电聚焦电泳与质谱联用(CIEF-MS)方法来进行单抗药物电荷异质性的在线分析中得到充分显示。