棉花黄萎病在我国黄河流域、长江流域及西北内陆棉区发生危害严重。近年来,河南省多地出现强致病力落叶型棉花黄萎病菌,但落叶型黄萎病菌在河南棉区系统分布及致病力分化方面的研究较少。本研究从2014—2015年,从河南不同棉区采集分离棉花黄萎病菌38株,通过形态学方法和分子生物学手段鉴定分离到的棉花黄萎病菌均为大丽轮枝菌(V.dahliae)。交配型基因鉴定结果表明棉花黄萎病菌交配型基因均为MAT1-2-1,不含有交配型基因MAT1-1-1。通过黄萎病菌小种特异性引物VdAve1F/VdAve1R与VdR2F/VdR2R鉴定黄萎病菌的生理小种,结果表明棉花黄萎病菌生理小种均为小种2。通过黄萎病菌的落叶型(D)/非落叶型(ND)特异性引物INTD2F/INTD2R与INTND2F/INTND2R扩增,结果表明棉花黄萎病菌中落叶型菌株有36株,占94.7%;非落叶型菌株有2株,占5.3%,说明落叶型黄萎病菌在河南所有棉区均有分布,且成为优势菌株。通过分生孢子蘸根接种法测定36株落叶型棉花黄萎病菌在抗病品种中棉所41和感病品种冀棉1 1上的致病力,结果表明河南落叶型棉花黄萎病菌菌株之间致病力存在极显著差异。河南棉区落叶型黄萎病菌可分为强致病力类型和中等致病力类型。其中,强致病力类型30株,中等致病力类型6株,所占比例分别为83.33%和16.67%。此外,河南棉区不同地区间落叶型棉花黄萎病菌致病力无显著性差异。本研究结果表明河南棉区棉花黄萎病菌以强致病力落叶型菌株为主。