针刀镇痛的科学基础，是源于针刺镇痛的神经科学基础。近20年来有关针刺镇痛的机理的大量实验生物医学科研成果，不仅填补了中西医发展全程中的空缺部分——实验医学，也证实了针灸疗法的科学性，使中国针灸学成为中国针灸医学科学。针刀镇痛与针刺镇痛有共同的科学基础，但针刀镇痛的个性有三个特点：①针刀有针、刀、铲三种性能；②以局部取穴(以痛为腧)的治则：③上下、纵横，三维针刀方法。针刀治疗时，一针刀一次就能达到病人可耐受的合理的“伤害性刺激程度”。 该刺激量超过A(纤维阈值以上，并达到C纤维阈值，而产生最佳的镇痛效应。即针刀一次治疗，就能激发脊髓内镇痛系统(闸门控制功能)和脑内抗痛系统功能，通过弥漫性伤害抑制性控制(DNIC)，而引起局部节段性和全身广泛性双重协同镇痛效应。因此针刀镇痛比通用的毫针法镇痛迅速，而且镇痛持续时间也较长。针刀镇痛法是现代的更安全，更合理的“对抗刺激疗法”。也属于生理疗法或/和自然疗法的一种。