药用动物是中国中药资源的重要组成部分,2010版药典中收录了51个动物药,76种药用动物.目前对动物药的鉴定尚存在诸多困难,需要新技术的介入和支持.COI基因被公认为动物界中标准的 DNA 条形码基因,但利用此技术研究药用动物或动物药的报道不多,本研究选取药典中45个动物药的51种原动物,考察样品中线粒体COI序列的种内种间变异情况,barcoding gap,鉴定成功率等方面,进而证明COI序列鉴定动物药的有效性和准确性.结果表明,种间变异最小值远大于种内变异最大值,barcoding gap图显示种间变异和种内变异重合较少,鉴定成功率较高,除节肢动物门外,在物种水平和属水平上,鉴定成功率均为100％,所构建的动物药及其混伪品的NJ树能很好地区分正品来源与其混伪品.因此COI序列作为条形码适用于药典中动物药品种的鉴定.本研究为COI条形码准确鉴定药典中动物药品种提供了分子依据,扩充了条形码数据库中药用动物序列,并建立了利用此技术鉴定动物药品种的具体技术流程.