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自《中国水生生物资源养护行动纲要》实施以来，我国建立了较为完善的养护执法和监管体系；水生生物资源生态养护与修复工作成效显著；水生生物多样性与濒危物种保护行动迅速；涉海工程渔业资源生态补偿机制初步建立；科学养殖推广和水域生态灾害防治进展顺利；累积了较为雄厚的科研技术力量。其面临的问题主要是：管理体制不畅，协作不够；一些地方政府重视不够，监管不力；补偿机制不完善，项目补偿落实难；补偿方式单一、操作不规范以及渔业生态补偿资金使用有缺陷等。当务之急是加大保护力度，构建科学的补偿机制。